Analiza DNA jest najdokładniejszą metodą zweryfikowania spornego ojcostwa. Dokładność tej metody powoduje otrzymanie wyniku na potwierdzenie ojcostwa z prawdopodobieństwem 99,99% bądź jego wykluczenie z 100% pewnością.

Dwie metody analizy DNA

Materiałem wykorzystywanym do badań DNA jest najczęściej wymaz z wewnętrznej części policzka.
Przy testach DNA wykorzystuje się dwie metody: metodę PCR, czyli łańcuchową reakcję polimerazy i analizę RFLP, czyli polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych. Odmianą reakcji PCR jest multiplex STR, wykorzystujący polimorfizm, to znaczy zmienność w niekodujących fragmentach genu. Wówczas sprawdza się ile powtórzeń określonych nukleotydów znalazło się w niekodujących fragmentach DNA ojca oraz dziecka. Wynik jest podawany w liczbach, będącymi powtórzeniami danego motywu.

Jak przebiega badanie DNA?

Badanie DNA opiera się na trzech etapach: izolacji materiału genetycznego, namnożeniu pozyskanego materiału genetycznego i sekwencjonowaniu. W pierwszym etapie DNA jest pozyskiwane z komórek zawierających jądra, np. z krwi, naskórka lub nabłonka. Wyizolowane DNA powiela się w termocyklerze do momentu uzyskania ilości kopii umożliwiającej otrzymanie profilu genetycznego. Z markerów genetycznych (STR, loci) powstaje profil genetyczny, który jest niepowtarzalny i dziedziczony po rodzicach, w połowie po biologicznym ojcu i biologicznej matce. Jeśli wszystkie analizowane markery zawierają wspólne liczby u dziecka oraz domniemanego ojca , wówczas potwierdza się ojcostwo. Jeżeli w minimum 4 markerach wspólnych liczb nie ma, ojcostwo zostaje wykluczone. Analiza RFLP to inaczej badanie tzw. „genetycznych odcisków palców” lub analiza wielopunktowa. Do przeprowadzenia badania potrzebna jest większa ilość materiału genetycznego niż w reakcji PCR oraz dłuższy czas oczekiwania na wynik. Największą zaletą tej metody jest dokładność. RFLP zaczyna się od izolacji DNA z leukocytów krwi, pobranej od badanych osób. Następie DNA dzielone jest na fragmenty za pomocą enzymu restrykcyjnego, który potrafi rozpoznać jego budowę i pociąć go w odpowiednim miejscu. W kolejnym etapie następuje rozdział fragmentów w specjalnym żelu w celu uporządkowania ich pod względem rozmiaru. Następnie fragmenty te przenosi się na folię nylonową w celu połączenia ich z sondą molekularną, co pozwala na obserwację wyników. Po analizie DNA z wykorzystaniem sondy wielolokusowej otrzymuje się dla każdej osoby zbiór wielu fragmentów DNA (prążków). Natomiast przy użyciu sondy jednolokusowej zaobserwujemy najczęściej dwa fragmenty DNA, czyli 2 prążki – jeden odziedziczony po ojcu, a drugi po matce lub jeden, kiedy potomek otrzymał taki sam od ojca i matki (tzw. homozygota). Następnie przyporządkowuje się je, podaje ilość oraz jakie możliwe kombinacje „prążków” występują pomiędzy matką, dzieckiem a domniemanym ojcem. Taki uporządkowany „zbiór prążków” poddawany jest analizie, opierającej się na na sprawdzeniu czy wszystkie fragmenty DNA, które znaleziono u dziecka, znajdują swoje odpowiedniki u matki bądź domniemanego ojca. Sprawdzane jest także czy istnieją jakieś fragmenty DNA u dziecka, których brak jest u matki i u domniemanego ojca. Analiza taka obejmuje zazwyczaj kilka sond molekularnych, co pozwala potwierdzić ojcostwo z prawdopodobieństwem zależnym od zakresu stosowanych badań.